(da M.D.Digital) Il virus utilizza la proteina spike per riconoscere ed entrare nella cellula ospite e le varianti di SARS-CoV-2 individuate presentano mutazioni, in un sito chiave sulla proteina spike chiamata sito di legame del recettore (RBS). Alcune di queste mutazioni rendono meno efficace l’attività degli anticorpi prodotti in risposta al contatto con i ceppi virali precedenti e ciò consente alle varianti di sfuggire, almeno parzialmente, alla risposta immunitaria che si è sviluppata in risposta a vaccinazione o a precedente infezione. Desta preoccupazione il fatto che nuove varianti potrebbero rendere i vaccini esistenti meno efficaci ad eliminare la pandemia.
Un team di ricercatori dello Scripps Research Institute (La Jolla, California) ha esaminato come e perché determinate mutazioni proteggono il virus. Il National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) del NIH ha sostenuto la ricerca, che è stata pubblicata su Science. Le proteine quelle dello spike virale sono costituite da lunghe catene di amminoacidi che si piegano in una forma specifica. Una mutazione nel genoma virale con sostituzione di un amminoacido con un altro può, a sua volta, alterare la struttura e la funzione della proteina. Le varianti identificate per la prima volta in Sud Africa e Brasile condividono mutazioni in tre sedi della RBS: 417, 484 e 501. Il team di ricerca ha testato quanto efficacemente gli anticorpi dei pazienti Covid-19 siano in grado di legarsi ai virus con queste mutazioni. Scoprendo che le mutazioni nelle posizioni 417 e 484 hanno impedito il legame degli anticorpi. La mutazione della posizione 417 ha anche indebolito il legame del virus con le cellule ospiti. Ma la mutazione in posizione 501 ha compensato questo effetto migliorando il legame delle cellule ospiti.
I ricercatori hanno studiato il motivo per cui queste mutazioni impediscono il legame e la neutralizzazione da parte degli anticorpi. Hanno analizzato le strutture molecolari di oltre 50 anticorpi umani legati alla proteina spike SARS-CoV-2. Gli anticorpi delle due classi principali interagiscono quasi sempre con l’amminoacido in posizione 417 o 484 quando si legano all’RBS. La modifica di entrambi gli amminoacidi interromperebbe queste interazioni e interferirebbe con il legame dell’anticorpo. Questi dati forniscono una spiegazione strutturale del motivo per cui gli anticorpi prodotti in seguito all’inoculazione di vaccini Covid-19 o all’infezione naturale dal ceppo pandemico originale sono spesso inefficaci contro queste varianti.
I ricercatori hanno anche testato gli anticorpi che si legano a parti della proteina spike al di fuori dell’RBS. Questi anticorpi potrebbero ancora legare e neutralizzare efficacemente il virus anche in presenza delle mutazioni di interesse. In particolare, questi anticorpi sono efficaci contro molti coronavirus correlati. Pertanto, i vaccini e gli anticorpi mirati a siti al di fuori dell’RBS potrebbero proteggere da una serie di varianti del virus. Una protezione così ampia sarà particolarmente importante se SARS-CoV-2 non verrà completamente eliminato. Nella progettazione di vaccini e terapie anticorpali di nuova generazione, sottolineano gli autori, dovremmo considerare di aumentare l’attenzione su altri siti vulnerabili del virus che tendono a non essere influenzati dalle mutazioni riscontrate nelle varianti di preoccupazione.
(Yuan M, et al. Structural and functional ramifications of antigenic drift in recent SARS-CoV-2 variants. Science 2021. DOI: 10.1126/science.abh1139 )
